Emri i tij i vërtetë është Andon Çako, nuk dihet për ç’arsye ai përdori edhe formën Zako. Emri letrar Çajupi është emri i një mali të vendlindjes, mallin dhe kujtimin e së cilës e nguliti dhe e përjetësoi në pseudonimin e tij. Lindi në Sheper të Zagorisë më 27 mars 1866. Mësimet e para i mori në vendlindje ku kreu dhe një shkollë gjysëm të mesme greke. Po shkolla më e madhe e vendlindjes ishte shkolla e fshatarit, e njohjes së jetës dhe të shpirtit të popullit, të gëzimeve dhe të brengave të bashkëfshatarëve të tij. Rol të madh në formimin e tij ka luajtur sidomos gjyshi nga e ëma, i cili e futi në botën magjepëse të përrallave, të legjendave e të këngëve popullore, prej së cilës poeti i ardhshëm nuk do të ndahej më kurrë. I ati i Çajupit, Harito Çakua, ishte kurbetçi në Misir, ku qe aktivizuar në lëvizjen atdhetare.

Ai e tërhoqi të birin nga fshati për të vazhduar studimet. Andoni ishte vetëm 15 vjeç, kur la shoqërinë për të ndjekurnjë kolegj francez në Aleksandri, duke marrë me vete mallin e së ëmës Zoicës, dhe të gurëve e maleve të Zagorisë. Në kolegj mori një kulturë të mirë dhe u dallua ndër të parët midis shumë nxënësve të kësaj shkolle që vinin nga vende të ndryshme të Mesdheut. Me këtë kulturë ai i kishte të hapura dyert e universitetit, të cilin e ndoqi në vitet 1887-1893 në Gjenevë, ku studjoi për drejtësi. Këtu u njoh me një vajzë vendase Evgjeninë, e cila e bëri të lumtur po dhe fatkeq, sepse i vdiq pas një vit martese, duke lënë jetim të birin e porsalindur, Stefanin. Kjo humbje e tronidi thellë poetin dhe i la vragë të thellë.

Ajo u bë shkak që, pas dhjetë vjetësh, të shkruante elegjinë “Vaje”, një nga elegjitë më të bukura dhe më prekëse të poezisë sonë.

Më 1883 me dokumentin e drejtësisë në xhep dhe me djalin në krahë u kthye në Misir dhe u vendos në Kajro, ku nisi të ushtronte profesionin e avokatit. Po prej këtij profesioni hoqi dorë shpejt. Shkak u bë një konflikt me autoritetet e vendit gjatë një proçesi gjyqësor ku avokati i ri mbrojti të drejtën dhe nuk u lëshoi pe pushtetmbajtësve. Jetoi me pasurinë që i kishte lënë i ati, dhe iu kushtua tërësisht çështjes atdhetare dhe krijimtarisë letrare.

Çajupi gjeti në Misir një lëvizje patriotike të zhvilluar. Shqiptarët e ngulimeve të Egjiptit kishin organizuar një shoqëri atdhetare e kulturore dhe mbanin lidhje sidomos me “Shoqërinë e Stambollit”. Por këtë lëvizje u munduan ta kthenin në anën e tyre disa rrethe grekomanësh, të cilët intrigoni kundër patriotëve të vërtetë dhe kundër Çajupit. Ai u bë shpirti dhe figura më e njohur e kolonisë patriotike të Misirit, Çajupi mbrojti interesat e shqipërisë dhe të popullit shqiptar, demaskoi synimet e xhonturqve, të grekomanëve dhe të gjithë armiqve të tjerë të çështjes së kombëtare.

Emri i tij nisi të njihej në rrethet e atdhetarëve që në fund të shekullit, kur botoi më 1898 artikullin e gjatë “Duke kërkuar një alfabet”, në të cilin spikat shqetësimi i tij për unitetin e lëvizjes kombëtare dhe kulturore, për shkrimin dhe lëvrimin e gjuhës amtare përmes një alfabeti të njësuar. Por vepra që e bëri të njohur në mbarë botën shqiptare ishte përmbledhja poetike “Baba Tomorri” (1902) ku përfshiu komedinë “katërmbëdhjetë vjeç dhëndërr”. Me këtë vepër ai u bë poeti më i njohur pas Naimit, figura që zuri vendin që mbeti bosh pas humbjes së poetit kombëtar më 1900.

Vjershat patriotike dhe luftarake të “Baba Tomorrit” frymëzuan çetat e lirisë dhe kryengritjet e mëdha që i sollën pavarësinë Shqipërisë më 1912. Këtë ngjarje poeti e priti me gëzim, u duk se iu hap udha për t’u kthyer në mëmëdhè, por, Lufta e Parë Botërore dhe trazirat e mëvonshme e shtynë larg këtë shpresë. Megjithatë ai i ndiqte nga afër ngjarjet në Shqipëri, duke mbetur gjithmonë në krah të forcave përparimtare e demokratike. Më 1919 Çajupi ishte në ballë të përpjekjeve të shqiptarëve të Misirit, për të mbrojtur të drejtat e popullit shqiptar në Konferencën e Paqes që mblidhej në Paris.